Mollaibrahimoğlu, 1960 yılında Trabzon’un Dernekpazarı ilçesine bağlı Yenice köyünde doğdu. 1976 yılında Trabzon İmam-Hatip Lisesi’nden, 1980 yılında da İstanbul Yüksek İslam Enstitüsü’nden mezun oldu. 1981-1982 Eğitim-Öğretim yılında bir yıl kadar Suudi Arabistan’ın Mekke şehrinde Ümmü’l-Kura Üniversitesi altı dönemlik Ma’hedü’l-Lüğa Dil Enstitüsü’nde 4. ve 5. dönemde eğitim gördü. Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsüne bağlı olarak Tefsir Anabilim Dalı’nda yüksek lisans (1986) ve doktora (1990) tamamladı. 2002 yılında doçent ve 2008 yılında profesör oldu. Uzun yıllar Diyanet İşleri Başkanlığının taşra teşkilatında (beş yıl İstanbul Bahçelievler Kur’an Kursu öğreticiliği ve yirmi iki yıl İstanbul Süleymaniye Camii’nde İmam-Hatip olarak) görev yaptı. 2005 yılında Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tefsir Anabilim Dalı öğretim üyeliğine atandı. Aynı fakültede sırasıyla bölüm başkanlığı, Dekan yardımcılığı ve 2012-2015 yılları asasında dekanlık yaptı. 2011 yılında bir dönem kadar Çanakkale On sekiz Mart Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak bulundu. 2015-2018 tarihleri arasında üç yıl Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde dekanlık yaptı. Yine aynı üniversitede 2017-2018 tarihleri arasında vekaleten rektör olarak görev yaptı. 2018 tarihi itibariyle de görev yeri olan RTEÜ İlahiyat Fakültesi’ne dönmüş oldu.