İlk, orta ve lise eğitimini Erzurum’da tamamlayan Çöğenli, 1979 yılında Atatürk Üniversitesi Doğu Dilleri ve Edebiyatı Bölümü’nde lisans eğitimini tamamlamıştır. 1981 yılında “Hicri 6. ve 7. (501-750) Asırlarda Dil Çalışmaları ve Belli Başlı Nahivciler” adlı çalışması ile yüksek lisansını, 1986 yılında “el-Mutarrizi ve el-Muğrib fi Tertibi’l-Mu’rib’inin Edisyon Kritiği” adlı çalışmasıyla da doktorasını yaptı. Daha sonra doçent ve profesör olarak çalışmalarını sürdürdü. 1995’te Kazakistan Bilim Başkanlığının resmi daveti üzerine Almatı şehrinde Süleyman Demirel Üniversitesinin kurucu rektörlüğünde bulundu.